Pada tahun 2007 Program Pascasarjana UIKA membuka Program Doktor Pendidikan Islam dengan izin operasional Dirjen Pendidikan Islam Kementrian Agama Rl, Nomor: Dj. 1/423/2007. Izin tersebut diperpanjang kembali dengan keluarnya surat Izin Operasional Nomor: Dj.l/13/2011 tanggal 6 Januari 2011. Angkatan pertama diterima 24 mahasiswa, yang sebagian besar adalah para dosen di berbagai Perguruan Tinggi. Sebagian lain adalah guru dan pimpinan pada Perguruan Tinggi. Angkatan kedua, diterima 18 mahasiswa. Angkatan ketiga, jumlah peminat meningkat tajam, sehingga diterima sebanyak 38 mahasiwa yang dibagi kedalam dua kelas.
Kepercayaan besar kepada Program Doktor Pendidikan Islam UIKA merupakan amanah besar kepada pimpinan, dosen, dan seluruh staf akademik untuk bekerja lebih keras agar kepercayaan tersebut tidak sia-sia.Hal tersebut dapat dilihat dari latar belakang pendidikan Magister para mahasiswa yang sangat beragam, dari berbagai universitas di dalam dan luar negeri, seperti: UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, UIN Sunan Gunung Jati Bandung, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Universitas Gajah Mada Yogyakarta, Universitas Indonesia, Institut Teknologi Bandung, Institut Pertanian Bogor, Universitas Muhammadiyah Jakarta, UHAMKA Jakarta, Universitas Trisakti Jakarta, Universitas Nasional Jakarta, Universitas Islam Asy-Syafi’iyah Jakarta, dan sebagainya. Dari luar negeri, terdapat mahasiswa yang meraih gelar master dari Boston University USA, Saint Corcodia Unversity USA, John Luther University Salt Lake City Utah USA, Universitas Islam Madinah Arab Saudi, Universitas Maulay Ismail Meknes Maroko, dan sebagainya