Sekolah Pascasarjana UIKA Bogor menyelenggarakan beberapa program studi yang terdiri dari :
S3 – Pendidikan Agama Islam
S3 – Ekonomi Syariah
S2 – Pendidikan Agama Islam
S2 – Ekonomi Syariah
S2 – Manajemen
S2 – Komunikasi dan Penyiaran Islam
S2 – Teknologi Pendidikan
