Sekolah Pascasarjana UIKA Bogor menyelenggarakan beberapa program studi yang terdiri dari : S3 – Pendidikan Agama Islam S3 – Ekonomi Syariah S2 – Pendidikan Agama Islam S2 – Ekonomi Syariah S2 – Manajemen S2 – Komunikasi dan Penyiaran Islam S2 – Teknologi Pendidikan
